Nous casos en català del detectiu més famós.
En Conan Edogawa és un petit detectiu que amaga un gran secret: en realitat és en Shinichi Kudô, un detectiu famós que anava a batxillerat, però una organització misteriosa el va fer tornar petit.
Ara viu a casa de la Ran, que també és l'Agència de Detectius Mouri, ocultant la seva autèntica identitat, i anant a l'escola i tot, mentre busca els Homes de Negre.
Un dia, arriba una alumna nova a la classe d'en Conan, l'Ai Haibara, però resulta que sap qui és en Conan en realitat i que, a sobre, és membre de l'organització! Confessa, però, que va trair els Homes de Negre quan ells van assassinar la seva germana i que es va prendre el verí APTX 4869, que ella mateixa va inventar; per això s?ha tornat una nena, com en Conan.
Sense perdre temps, decideixen buscar el disquet que contenia dades del verí en qüestió i per això visiten la casa del professor universitari Hirota, però... arriben massa tard?!