Bienvenido a la biblioteca nocturna. Recuerda: nuestro horario es de siete de la tarde hasta la medianoche. Solo encontrarás obras de autores que han muerto, y bajo ningún concepto podrás llevarte un libro a casa.
A Otoha Higuchi, la nueva empleada de la biblioteca nocturna, la han contratado gracias al misterioso propietario del lugar, cuya identidad es un misterio. Allí conoce al resto del personal: exbibliotecarios y exlibreros que, al igual que ella, han sido perjudicados de alguna manera por la industria editorial. Sin embargo, eso no ha permitido que renuncien a su amor por los libros.
Noche tras noche, Otoha se une a sus compañeros en la cafetería de la biblioteca para cenar, la cual ofrece menús que están inspirados en los libros que moran las estanterías de la biblioteca.
Pero un día ocurre algo completamente inesperado que obligará a Otoha y a sus compañeros a replantearse lo que significa «trabajar» y cuál es su verdadero propósito en la vida.