El Proyecto Escipión narra las pesquisas de Néstor Azcona, un policía local novato y sin vocación ante una serie de brutales crímenes presuntamente ejecutados bajo un mismo patrón, a imitación de los duros castigos empleados en la Hispania romana del siglo I.
Néstor Azcona, joven aprendiz de policía local en un pueblo costero de Tarragona por enchufe familiar y sin ninguna vocación, descubre durante su ronda nocturna un brutal asesinato en la antigua villa romana de Els Munts. La víctima ha sido decapitada y la cabeza enterrada entre las vísceras de un animal. El extraño ritual resulta todavía más desconcertante cuando sólo unos días después un cuerpo sin cabeza aparece crucificado en el Circo de Tarragona.
Las dos escenografías, minuciosamente cuidadas, conducen a la identificación de un mismo cadáver: se trata de un peligroso ex convicto, delincuente sexual aparentemente reinsertado. Mientras los investigadores de élite de los Mossos d'Esquadra sospechan de una guerra abierta entre mafias, Néstor comienza a ver indicios de la posible implicación en los hechos de algunos miembros de la IX Legio Hispana, un grupo 'profesional' de reconstrucción histórica que revive en el siglo XXI la época dorada del ejército de la Roma imperial…